El jugador ecuatoriano convirtió su primer tanto con la camiseta del cuadro de México. Fue contra Portmore United (Jamaica) en el partido de octavos de final de vuelta de la Concachampions 2020. Se jugó en el estadio Azteca y resultado final fue de (4-0). Borja colaboró con el último gol del partido. El marcador final de la llave fue de (6-1), ya que en la ida Cruz Azul ganó 2-1.
Las anotaciones fueron hechas por: Orbelín Pineda (min. 22), Lucas Passerini (min. 59), Pablo Cepellini (min. 76) y Jonathan Borja (min. 90). En la próxima instancia de la Concachampions, Cruz Azul se enfrentará al vencedor de una llave en la que ambos clubes cuentan con ecuatorianos. León de México (con Ángel Mena) o Los Ángeles Football Club (con Diego Palacios y José Cifuentes) será el rival del equipo donde Borja milita. La ventaja en el partido de ida la obtuvo el cuadro mexicano. Ganó 2-0 en el estadio León y mañana visitará el Banc of California Stadium para visitar al plantel de Estados Unidos, que deberá remontar la eliminatoria si quiere pasar a cuartos de final del certamen.
Gol de Jonathan Borja en Cruz Azul – Portmore United:


